- Институт перспективных систем передачи данных
- Институт информационно-навигационных систем
- Институт интеллектуальных промышленных технологий
- Институт оптико-цифровых систем
- Институт трансляционной медицины
- Институт дизайна и урбанистики
- Научно-исследовательский институт наукоемких компьютерных технологий
- Институт «Высшая инженерная школа»
- Международный научно-исследовательский центр нанофотоники и метаматериалов
- Международный научно-исследовательский институт биоинженерии
- Международный научно-образовательный центр физики наноструктур
- Научно-исследовательский центр перспективных функциональных материалов и лазерных коммуникационных систем
- Международная лаборатория «Растворная химия передовых материалов и технологий»
- Международная научная лаборатория фотопроцессов в мезоскопических системах
- Транснациональный научно-образовательный UniFEL центр перспективных методов исследования материалов
- Международный институт «Фотоника и оптоинформатика»
- Международный научный центр «Биотехнологии третьего тысячелетия»
- Международный научный центр «Нелинейные и адаптивные системы управления»
- Международная лаборатория «Компьютерные технологии»
- Международная научная лаборатория цифровых гуманитарных исследований
- Исследовательская научно-производственная лаборатория «Оптические и лазерные технологии»
- Корпоративная лаборатория комплексных цифровых решений
- Корпоративная лаборатория технологий человеко-машинного взаимодействия
- Лаборатория атмосферных оптических квантовых каналов связи
- Лаборатория валидации и верификации сложных технических систем
- Лаборатория записи волоконных брэгговских решеток
- Лаборатория изучения культурного наследия
- Лаборатория интеллектуальных технологий в инфохимии
- Лаборатория информационных технологий
- Лаборатория квантовых коммуникаций
- Лаборатория квантовых процессов и измерений
- Лаборатория киберфизических систем
- Лаборатория композитного искусственного интеллекта
- Лаборатория криптографических методов защиты информации
- Лаборатория лазерных нелинейных кристаллов
- Лаборатория лазерных систем
- Лаборатория магнитного резонанса в медицине
- Лаборатория моделирования и программирования
- Лаборатория молодежной робототехники
- Лаборатория однофотонных детекторов и генераторов
- Лаборатория оптоэлектронного обеспечения киберфизических систем
- Лаборатория программируемой электроники
- Лаборатория программных и сетевых систем
- Лаборатория сборки и юстировки устройств световодной фотоники
- Лаборатория световодной фотоники
- Лаборатория теории информации и кодирования
- Лаборатория технологий сборки систем передачи данных
- Лаборатория технологических методов и устройств
- Лаборатория фотоники функциональных наноматериалов
- Межотраслевая научно-техническая лаборатория экологии, техносферной безопасности и метрологического обеспечения
- Межфакультетская лаборатория «Трансляционные технологии в образовании»
- Научно-исследовательская лаборатория «Когнитивные технологии в промышленности»
- Научно-исследовательская лаборатория «Техногенной безопасности»
- Научно-техническая лаборатория автоматизированного проектирования оптико-информационных и энергосберегающих систем
- Научно-технологическая лаборатория промышленной робототехники
- Научно-технологическая лаборатория технологии цифрового производства
- Производственно-технологическая лаборатория «Цифровое производство»
- Транснациональная научно-образовательная лаборатория перспективных методов исследования материалов UniFEL
- Учебно-научно-производственная лаборатория «Мехатроника и робототехника»
- Научно-образовательный центр «Газпром нефть-ИТМО»
- Научно-образовательный центр инфохимии
- Международный научно-образовательный центр «Безопасность и надежность критических цифровых технологий»
- Научно-образовательный центр геномного разнообразия
- Научно-образовательный центр химического инжиниринга и биотехнологий
- Научно-образовательный центр «Музей истории Университета ИТМО»